പോളിപെപ്റ്റൈഡ് പെപ്റ്റൈഡ് ചെയിനിന്റെ ഡിസൈൻ സ്കീമും പരിഹാരവും

I. സംഗ്രഹം
പെപ്റ്റൈഡുകൾ പ്രത്യേക സ്ഥൂല തന്മാത്രകളാണ്, അവയുടെ ക്രമങ്ങൾ അവയുടെ രാസ-ഭൗതിക സവിശേഷതകളിൽ അസാധാരണമാണ്.ചില പെപ്റ്റൈഡുകൾ സമന്വയിപ്പിക്കാൻ പ്രയാസമാണ്, മറ്റുള്ളവ സമന്വയിപ്പിക്കാൻ താരതമ്യേന എളുപ്പമാണ്, പക്ഷേ ശുദ്ധീകരിക്കാൻ പ്രയാസമാണ്.മിക്ക പെപ്റ്റൈഡുകളും ജലീയ ലായനികളിൽ ചെറുതായി ലയിക്കുന്നു എന്നതാണ് പ്രായോഗിക പ്രശ്നം, അതിനാൽ നമ്മുടെ ശുദ്ധീകരണത്തിൽ, ഹൈഡ്രോഫോബിക് പെപ്റ്റൈഡിന്റെ അനുബന്ധ ഭാഗം ജലീയമല്ലാത്ത ലായകങ്ങളിൽ ലയിപ്പിക്കണം, അതിനാൽ, ഈ ലായകങ്ങളോ ബഫറുകളോ ഉപയോഗവുമായി കടുത്ത പൊരുത്തക്കേട് ഉണ്ടാകാൻ സാധ്യതയുണ്ട്. ബയോളജിക്കൽ പരീക്ഷണാത്മക നടപടിക്രമങ്ങൾ, അതിനാൽ സാങ്കേതിക വിദഗ്ധർ അവരുടെ സ്വന്തം ആവശ്യങ്ങൾക്കായി പെപ്റ്റൈഡ് ഉപയോഗിക്കുന്നത് കർശനമായി നിരോധിച്ചിരിക്കുന്നു, അതിനാൽ ഗവേഷകർക്കുള്ള പെപ്റ്റൈഡുകളുടെ രൂപകൽപ്പനയുടെ നിരവധി വശങ്ങൾ ഇനിപ്പറയുന്നവയാണ്.

പോളിപെപ്റ്റൈഡ് പെപ്റ്റൈഡ് ചെയിനിന്റെ ഡിസൈൻ സ്കീമും പരിഹാരവും
രണ്ടാമതായി, സിന്തറ്റിക് ബുദ്ധിമുട്ടുള്ള പെപ്റ്റൈഡുകളുടെ ശരിയായ തിരഞ്ഞെടുപ്പ്
1. ഡൗൺ-റെഗുലേറ്റഡ് സീക്വൻസുകളുടെ ആകെ ദൈർഘ്യം
പെപ്റ്റൈഡിന്റെ വലിപ്പം കൂടുകയും ക്രൂഡ് ഉൽപന്നത്തിന്റെ പരിശുദ്ധി കുറയുകയും ചെയ്യുന്നതിനാൽ 15-ൽ താഴെ ശേഷിക്കുന്ന പെപ്റ്റൈഡുകൾ ലഭിക്കാൻ എളുപ്പമാണ്.പെപ്റ്റൈഡ് ശൃംഖലയുടെ ആകെ നീളം 20 അവശിഷ്ടങ്ങൾക്കപ്പുറം വർദ്ധിക്കുന്നതിനാൽ, കൃത്യമായ ഉൽപ്പന്ന അളവ് ഒരു പ്രധാന ആശങ്കയാണ്.പല പരീക്ഷണങ്ങളിലും, അവശിഷ്ട സംഖ്യ 20-ൽ താഴെയായി കുറയ്ക്കുന്നതിലൂടെ അപ്രതീക്ഷിത ഫലങ്ങൾ ലഭിക്കുന്നത് എളുപ്പമാണ്.
2. ഹൈഡ്രോഫോബിക് അവശിഷ്ടങ്ങളുടെ എണ്ണം കുറയ്ക്കുക
ഹൈഡ്രോഫോബിക് അവശിഷ്ടങ്ങളുടെ വലിയ ആധിപത്യമുള്ള പെപ്റ്റൈഡുകൾ, പ്രത്യേകിച്ച് സി-ടെർമിനസിൽ നിന്നുള്ള 7-12 അവശിഷ്ടങ്ങൾ, സാധാരണയായി സിന്തറ്റിക് ബുദ്ധിമുട്ടുകൾ ഉണ്ടാക്കുന്നു.സിന്തസിസിൽ ഒരു ബി-ഫോൾഡ് ഷീറ്റ് ലഭിക്കുന്നതിനാൽ ഇത് അപര്യാപ്തമായ സംയോജനമായി കാണുന്നു."അത്തരം സന്ദർഭങ്ങളിൽ, രണ്ടിൽ കൂടുതൽ പോസിറ്റീവ്, നെഗറ്റീവ് അവശിഷ്ടങ്ങൾ പരിവർത്തനം ചെയ്യുന്നതോ പെപ്റ്റൈഡ് കോമ്പോസിഷൻ അൺലോക്ക് ചെയ്യുന്നതിന് പെപ്റ്റൈഡിലേക്ക് Gly അല്ലെങ്കിൽ Pro ഇടുന്നത് ഉപയോഗപ്രദമാകും."
3. "ബുദ്ധിമുട്ടുള്ള" അവശിഷ്ടങ്ങൾ കുറയ്ക്കൽ
"സാധാരണയായി എളുപ്പത്തിൽ സമന്വയിപ്പിക്കപ്പെടാത്ത നിരവധി Cys, Met, Arg, try ശേഷിപ്പുകൾ ഉണ്ട്."സെർ സാധാരണഗതിയിൽ Cys-ന് ഒരു നോൺഓക്സിഡേറ്റീവ് ബദലായി ഉപയോഗിക്കും.
പോളിപെപ്റ്റൈഡ് പെപ്റ്റൈഡ് ചെയിനിന്റെ ഡിസൈൻ സ്കീമും പരിഹാരവും

മൂന്നാമതായി, വെള്ളത്തിൽ ലയിക്കുന്ന ശരിയായ തിരഞ്ഞെടുപ്പ് മെച്ചപ്പെടുത്തുക
1. N അല്ലെങ്കിൽ C ടെർമിനസ് ക്രമീകരിക്കുക
അസിഡിക് പെപ്റ്റൈഡുകളോട് ആപേക്ഷികമായി (അതായത്, പിഎച്ച് 7-ൽ നെഗറ്റീവ് ചാർജ്ജ്), അസറ്റിലേഷൻ (എൻ-ടെർമിനസ് അസറ്റിലേഷൻ, സി ടെർമിനസ് എല്ലായ്പ്പോഴും ഒരു സ്വതന്ത്ര കാർബോക്‌സിൽ ഗ്രൂപ്പ് നിലനിർത്തുന്നു) നെഗറ്റീവ് ചാർജ് വർദ്ധിപ്പിക്കാൻ പ്രത്യേകിച്ച് ശുപാർശ ചെയ്യുന്നു.എന്നിരുന്നാലും, അടിസ്ഥാന പെപ്റ്റൈഡുകൾക്ക് (അതായത്, പിഎച്ച് 7-ൽ പോസിറ്റീവ് ചാർജ്ജ്), അമിനേഷൻ (എൻ-ടെർമിനസിലെ ഫ്രീ അമിനോ ഗ്രൂപ്പും സി-ടെർമിനസിലെ അമിനേഷനും) പോസിറ്റീവ് ചാർജ് വർദ്ധിപ്പിക്കാൻ പ്രത്യേകിച്ച് ശുപാർശ ചെയ്യുന്നു.

2. ക്രമം വളരെ ചെറുതാക്കുകയോ ദീർഘിപ്പിക്കുകയോ ചെയ്യുക

ചില സീക്വൻസുകളിൽ Trp, Phe, Val, Ile, Leu, Met, Tyr, Ala തുടങ്ങിയ ധാരാളം ഹൈഡ്രോഫോബിക് അമിനോ ആസിഡുകൾ അടങ്ങിയിട്ടുണ്ട്. ഈ ഹൈഡ്രോഫോബിക് അവശിഷ്ടങ്ങൾ 50% കവിയുമ്പോൾ, അവ സാധാരണയായി അലിയാൻ എളുപ്പമല്ല.പെപ്‌റ്റൈഡിന്റെ പോസിറ്റീവ്, നെഗറ്റീവ് ധ്രുവങ്ങൾ വർദ്ധിപ്പിക്കുന്നതിന് ക്രമം ദീർഘിപ്പിക്കുന്നത് ഉപയോഗപ്രദമാകും.ഹൈഡ്രോഫോബിക് അവശിഷ്ടങ്ങൾ കുറയ്ക്കുന്നതിലൂടെ പോസിറ്റീവ്, നെഗറ്റീവ് ധ്രുവങ്ങൾ വർദ്ധിപ്പിക്കുന്നതിന് പെപ്റ്റൈഡ് ശൃംഖലയുടെ വലുപ്പം കുറയ്ക്കുക എന്നതാണ് രണ്ടാമത്തെ ഓപ്ഷൻ.പെപ്റ്റൈഡ് ശൃംഖലയുടെ പോസിറ്റീവ്, നെഗറ്റീവ് വശങ്ങൾ ശക്തമാകുമ്പോൾ, അത് വെള്ളവുമായി പ്രതികരിക്കാനുള്ള സാധ്യത കൂടുതലാണ്.
3. വെള്ളത്തിൽ ലയിക്കുന്ന അവശിഷ്ടത്തിൽ ഇടുക
ചില പെപ്റ്റൈഡ് ശൃംഖലകൾക്ക്, ചില പോസിറ്റീവ്, നെഗറ്റീവ് അമിനോ ആസിഡുകളുടെ സംയോജനം ജലത്തിന്റെ ലയനം മെച്ചപ്പെടുത്തും.Glu-Glu-മായി സംയോജിപ്പിക്കാൻ അസിഡിക് പെപ്റ്റൈഡുകളുടെ N-ടെർമിനസ് അല്ലെങ്കിൽ C-ടെർമിനസ് ഞങ്ങളുടെ കമ്പനി ശുപാർശ ചെയ്യുന്നു.അടിസ്ഥാന പെപ്റ്റൈഡിന്റെ N അല്ലെങ്കിൽ C ടെർമിനസ് നൽകി, തുടർന്ന് Lys-Lys.ചാർജ്ജ് ചെയ്‌ത ഗ്രൂപ്പ് സ്ഥാപിക്കാൻ കഴിയുന്നില്ലെങ്കിൽ, N അല്ലെങ്കിൽ C ടെർമിനസിലും Ser-Gly-Ser സ്ഥാപിക്കാവുന്നതാണ്.എന്നിരുന്നാലും, പെപ്റ്റൈഡ് ശൃംഖലയുടെ വശങ്ങൾ മാറ്റാൻ കഴിയാത്തപ്പോൾ ഈ സമീപനം പ്രവർത്തിക്കില്ല.